ソメイヨシノ（染井吉野）は、オオシマザクラとエドヒカンとの雑種といわれています。

学名Prunus x yedoensis は、当植物園の初代園長を務めた松村任三教授によって1901年に名付けられました。命名の基準となるタイプ標本は、園内の木から採集されたものですが、現在では、どの木がその木であるかはわからなくなってしまいました。本園のソメイヨシノは、樹齢約130年と推定されています。